東京大学 大学院新領域創成科学研究科 先端生命科学専攻

菊地は線虫を対象としたゲノム研究を中心にこれまでの研究活動を行ってきました。そのなかで日本で初めての線虫ゲノムの解読や、C. elegans姉妹種の発見と比較ゲノム解析などの成果を達成してきました。現在、特に興味をもって研究しているのは寄生性を持つ線虫（寄生虫）です。寄生虫は、宿主体内の特殊な環境に適応するために驚くべき進化を遂げています。哺乳類を宿主とする寄生虫の場合、宿主体内は恒温かつ冨栄養で宿主からの免疫攻撃があるという、外界と比べて極めて特殊な環境で、そこに適応した寄生虫はまさに最も身近な「極限環境生物」であるといえます。そんな魅力的な寄生虫の寄生メカニズムや寄生虫のもつ特殊能力を様々なデータを統合してシステムバイオロジー的に理解したいと思って研究をしています。

また、モデル生物C. elegans線虫の近縁種を利用したゲノム進化解析も大きな研究の柱です。特にトランスポゾン（動き回る遺伝子）によってゲノム進化がどのように助長され、その制御がどのように行われているのかをC. elegansとその近縁種を使って明らかにしようとしています。

研究室のメンバーは大規模データ解析（バイオインフォマティクス・Dry）を中心とする人、生物実験（Wet）を中心とする人が大体半々の構成になっています。相互コミュニケーションや勉強会を行いながら研究を進めることにより、研究室のメンバーはDry、Wet、両方を理解できる知識とスキルを身につけていくことを目指しています。